中心依托四大基地的硬件支撑，现已经争取设立了1支省级优势科技创新团队、2个院士工作站、2个博士后科研工作站、1个国家级水土保持科技示范园、2个省级重点实验室、1个省级工程技术研究中心等软件平台；设立了鄱阳湖湿地水文生态实验站。
四大基地占地面积达2000多亩，拥有一大批先进的科研设施和800多台/套仪器设备，总投资5亿余元。其中：
鄱阳湖模型试验研究基地位于九江市共青城市，占地面积500亩，分模型试验区和学术交流区两个功能区。模型试验区是基地的主体功能区，主要建有湖区模型、枢纽模型和河道模型，湖区模型占地6万平方米，枢纽模型占地2万平方米；学术交流区布置科研综合楼、专家公寓等配套设施。
江西水土保持科研创新基地位于九江市德安县，占地面积1200亩，分科研试验区、推广示范区、生态修复区和科普展示区四个功能区，建有人工模拟降雨大厅、坡耕地土壤水量平衡试验区、综合实验楼、水保科普馆、学术交流中心及近200个试验观测小区。
鄱阳湖模型试验研究基地：位于鄱阳湖畔的共青城，占地500亩，含湖区模型、河道模型及模型大厅、科研综合楼等设施，总投资约2.5亿元。
江西水土保持科研创新基地：位于九江德安县，占地1200亩，分为科研试验、推广应用、示范教学和生态建设4大功能区共28个小区，主要有水保科普展示厅、人工模拟降雨大厅、坡耕地水量平衡试验区等，一、二期总投资约2亿元。
鄱阳湖水文生态监测研究基地位于九江市都昌县的鄱阳湖中心的岛屿上，占地面积280亩，建有野外监测系统、实验研究系统、支撑保障系统等设施。
江西省灌溉试验中心站研究基地位于南昌市南昌县，占地面积70亩，建有水田、旱作、果树、水质水环境、生态沟、塘堰湿地等试验区。
鄱阳湖水文生态监测研究基地：位于棠荫岛，占地265亩，含野外监测系统、实验研究系统、应用研究系统、支撑保障系统等，总投资1.25亿元。
江西省灌溉试验中心站研究基地：位于南昌市南昌县，占地面积70亩，建有水田、旱作、果树、水质水环境、生态沟、塘堰湿地等试验区。
