秘书处为理事会下设机构，包括办公室、研究与交流部、创建与促进部、宣传与联络部、合作与发展部等部门，负责团体的日常工作，具体分工如下：

1、办公室：主要负责文秘、人事、财务、党务、会务、档案、后勤等工作。

2、研究与交流部：主要承担江西生态文明建设重大理论、战略和政策等课题研究工作和组织协调推动工作；组织开展有关学术交流；开展相关政策、法律、法规等咨询服务；承办生态文明建设专刊。

3、创建与促进部：主要负责开展有助于生态文明的公益性活动；受政府委托开展“以奖代补”和生态市（县）、生态文明示范区建设，以及重点社区、行业、领域生态文明建设的技术服务工作。

4、宣传与联络部：主要负责开展生态文明建设的宣传教育活动；组织开展生态文明方面的培训、科普教育活动；负责国际间和民间的相关交流和联络工作；受政府委托承办生态文明建设先进典型推介活动和生态文明建设工作通讯及网站。

5、合作与发展部：主要负责会员发展和联络工作；承担政府资助和社会捐助工作；负责生态文明建设基金的筹组、运营、管理等方面的工作。